Las actividades del Instituto se desarrollan en laboratorios de investigación, planta piloto, laboratorio de análisis químico, talleres y oficinas. Para dichas actividades el Instituto cuenta con equipamiento propio de uso comunitario (CENACA) como así también de equipos pertenecientes a los diferentes grupos de investigación. Además, INCAPE cuenta con el apoyo analítico e instrumental de otras dependencias de apoyo a la investigación pertenecientes a CONICET que están ubicadas en el Centro Científico y Tecnológico (CCT) con sede en Santa Fe.